Creo que la dificultad está en términos simples utilizados en un tema muy específico. No sé qué traducción estás usando para "filière", depende un poco de eso. Según IATE, "filière de traitement" (léxico medioambiental) es "filial de tratamiento". Yo me quedo con red/cadena, ya que creo que es parte de un proceso, y tomando "refus" como "residuo/desecho" (también del léxico medioambiental), llego a:
"y para algunas de estas redes/cadenas, la aptitud de volver a tratar/procesar desechos clasificables o tratar otras redes/cadenas".
Ojalá te resulte útil.

Dos maneras diferentes de decir lo mismo.

y para algunas de esas Plantas, el hacerse cargo, por rechazo de otras, de la clasificación o tratamiento de los desechos pertinentes.

y algunas de esas Plantas tendrán que clasificar los desechos que otras Plantas se nieguen a realizar.

Por lo que vi, se trata de Plantas Clasificadoras de Desechos.

http://www.google.com/#hl=fr&rlz=1R2ADFA_esUY382&q=planta cl...

y para ciertas plantas la recogida de rechazos de clasificación o de tratamiento de otras sucursales (plantas de la red).

--------------------------------------------------
Note added at 23 horas (2010-08-26 09:46:17 GMT)
--------------------------------------------------

El rechazo no es necesariamente que la planta de clasificación se niegue a tratar los residuos (esd más me inclino a pensar que interpretarlo en ese sentido es un error) sino a la incapacidad para ello. Por ejemplo porque carezca de unas determinadas instalaciones o maquinarias: equipo de corrientes de Foucault para el aluminio, lixiviados de las basuras orgánicas para su depuración,... etc. Tendrías que ver el contexto